Package: shovill (1.1.0-9 and others)

[ Source: shovill  ]

Saml bakterie isolat-genomer fra Illumina paired-end-læsninger

Shovill er en datakanal, der bruger SPAdes som sit grundlag, men ændrer trinnene før og efter det primære samlingstrin for at få tilsvarende resultater på kortere tid. Shovill vil også understøtte andre samlere såsom SKESA, Velvet og Megahit, så du kan også udnytte præ- og efterbehandlingen Shovill tilbyder med disse.

Other Packages Related to shovill

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• dep: flash

  Fast Length Adjustment of SHort reads

• dep: kmc

  Tæl kmers i arvemassesekvenser

• dep: lighter

  Hurtig og hukommelseseffektiv program til rettelse af sekventeringsfejl

• dep: megahit

  ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: pigz

  Parallel implementering af GZip

• dep: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• dep: samclip

  Filtrer SAM-fil for blødt og hårdt klippet sammenligninger

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: seqtk

  Hurtigt letvægtsværktøj til behandling af sekvenser i formaterne FASTA eller FASTQ

• dep: skesa

  Strategisk Kmer-udvidelse for scrupulous-samlinger

• dep: spades

  Genomsamler for single-celle- og isolates-datasæt

• dep: trimmomatic

  Fleksibelt værktøj til læsetrimning af Illumina NGS-data

• dep: velvet

  Sekvens-assembler for nukleinsyre til meget korte læsninger

Download shovill

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.1.0-2	12.2 kB	39.0 kB	[list of files]
amd64	1.1.0-9	13.2 kB	40.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.1.0-7	13.1 kB	40.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.1.0-7	13.1 kB	40.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.1.0-7	13.1 kB	40.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.1.0-7	13.1 kB	40.0 kB	[list of files]
riscv64 (unofficial port)	1.1.0-7	13.1 kB	40.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.1.0-7	13.1 kB	40.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.1.0-7	13.1 kB	40.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.1.0-7	13.1 kB	40.0 kB	[list of files]