Package: mosdepth (0.3.10+ds-1 and others)

[ Source: mosdepth  ]

BAM/CRAM-dybdeberegning for biologisk sekventering

Mange små læsninger er fremstillet af høj-gennemløb »næste generation«-sekventeringsteknologier. Den endelige sekvens er afledt fra hvordan disse læsninger overlapper mod en konsensus. De yderligere læsninger dækker/bekræfter dele af en nukleotid sekvens, jo højere tilliden er. For mange læsninger vil være indikativ for f.eks. gentagelser i genomet.

Mosdepth kan fremstille:

 * per base dybde omkring 2x så hurtig som samtools dybde-omkring 25
   minutter cpu-tid for et 30X-genom
 * gennemsnit per vindue-dybde givet en vindues størrelse-som vil blive
   brugt for CNV-kald
 * gennemsnittet per region givet en BED-fil med regioner
 * en distribution af dele af baser dækket ved eller over en given
   tærskel for hvert kromosom og bredt i genomerne
 * kvantiseret resultat der sammenføjer nærliggende basere så længe de
   falder i de samme dækningskasser f.eks. (10-20)
 * tærskelresultat for at indikere antallet af baser i hver region, der
   er dækket af de angivne tærskler

Other Packages Related to mosdepth

• dep: libc6 (>= 2.33) [sparc64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [not sparc64]

• dep: libhts-dev [not sparc64]

  Udviklingsfiler for HTSlib

Download mosdepth

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	0.3.10+ds-1	170.2 kB	597.0 kB	[list of files]
arm64	0.3.10+ds-1	164.5 kB	597.0 kB	[list of files]
armel	0.3.10+ds-1	156.1 kB	557.0 kB	[list of files]
armhf	0.3.10+ds-1	159.2 kB	433.0 kB	[list of files]
i386	0.3.10+ds-1	182.6 kB	632.0 kB	[list of files]
mips64el	0.3.10+ds-1	154.8 kB	660.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.3.10+ds-1	177.7 kB	790.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.3.10+ds-1	179.6 kB	725.0 kB	[list of files]
riscv64	0.3.10+ds-1	170.3 kB	501.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.3.3+ds-1	134.0 kB	543.0 kB	[list of files]