Пакет: mosdepth (0.3.10+ds-1 и други)

Връзки за mosdepth

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник mosdepth.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [github.com]

Подобни пакети:

BAM/CRAM depth calculation biological sequencing

Many small reads are produced by high-throughput "next generation" sequencing technologies. The final sequence is derived from how these reads are overlapping towards a consensus. The more reads are covering/confirming parts of a nucleotide seq, the higher the confidence is. Too many reads would be indicative of e.g. repeats in the genome.

mosdepth can output:

 *  per-base depth about 2x as fast samtools depth--about 25 minutes
    of CPU time for a 30X genome.
 *  mean per-window depth given a window size--as would be used for
    CNV calling.
 *  the mean per-region given a BED file of regions.
 *  a distribution of proportion of bases covered at or above a given
    threshold for each chromosome and genome-wide.
 *  quantized output that merges adjacent bases as long as they fall
    in the same coverage bins e.g. (10-20)
 *  threshold output to indicate how many bases in each region are
    covered at the given thresholds.

when appropriate, the output files are bgzipped and indexed for ease of use.

Други пакети, свързани с mosdepth

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libc6 (>= 2.33) [sparc64]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.34) [не sparc64]
dep: libhts-dev [не sparc64]

development files for the HTSlib

Изтегляне на mosdepth

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	0.3.10+ds-1	170,2 кБ	597,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	0.3.10+ds-1	164,5 кБ	597,0 кБ	[списък на файловете]
armel	0.3.10+ds-1	156,1 кБ	557,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	0.3.10+ds-1	159,2 кБ	433,0 кБ	[списък на файловете]
i386	0.3.10+ds-1	182,6 кБ	632,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	0.3.10+ds-1	154,8 кБ	660,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	0.3.10+ds-1	177,7 кБ	790,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	0.3.10+ds-1	179,6 кБ	725,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	0.3.10+ds-1	170,3 кБ	501,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	0.3.3+ds-1	134,0 кБ	543,0 кБ	[списък на файловете]