Package: kallisto (0.48.0+dfsg-3)

[ Source: kallisto  ]

Næsten optimal RNA-Seq-kvantificering

Kallisto er et program til at kvantificere mængder af transskriptioner fra RNA-Seq-data, eller mere generelt af målsekvenser, der anvender sekvenslæsning med høj gennemløb. Det er baseret på den nye ide om pseudosammenligning for hurtigt at bestemme kompatibiliteten af aflæsninger med mål, uden behov for ensretning. På sammenligninger med RNA-Seq-standarddata kan kallisto kvantificere 30 millioner menneskelige læsninger på mindre end 3 minutter på en Mac-stationær computer, der kun bruger læsesekvenserne og et transkriptomindeks som i sig selv tager mindre end 10 minutter at bygge. Pseudojustering af læser bevarer de nødvendige nøgleoplysninger til kvantificering, og kallisto er derfor ikke kun hurtig, men også lige så præcis som eksisterende kvantificeringsværktøjer. Faktisk, fordi pseudosammenligningsproceduren er robust over for fejl i læsningerne, i mange sammenligninger udkonkurrerer kallisto eksisterende værktøjer.

Other Packages Related to kallisto

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not ppc64el]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download kallisto

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	268.5 kB	772.0 kB	[list of files]
arm64	235.9 kB	724.0 kB	[list of files]
mips64el	233.9 kB	881.0 kB	[list of files]
ppc64el	278.8 kB	916.0 kB	[list of files]
s390x	237.9 kB	780.0 kB	[list of files]