Package: glam2 (1064-10 and others)

[ Source: glam2  ]

Proteinmotiver med afstand fra ikke-justerede sekvenser

GLAM2 er en programpakke til at finde motiver i sekvenser, typisk amino- syre eller nukleotidsekvenser. Et motiv er et tilbagevendende sekvensmønster: typiske eksempler er TAT-boksen og CAAX prenylation- motivet. Den primære nyskabelse i GLAM2 er, at den tillader at indsætte og slette i motiver.

Denne pakke inkluderer programmer for registrering af motiver delt af et sæt af sekvenser og finde match til disse motiver i en sekvensdatabase samt redskaber for konvertering af galm2-motiver til standardjusteringsformater, maskerende glam2-motiver ud af sekvensen, så svagere motiver kan findes, og fjerne meget ens medlemmer i et sæt af sekvenser.

Pakken inkluderer disse programmer:

 glam2:       finder motiver som deles af et sæt af sekvenser;
 glam2scan:   finder match - fra en sekvensdatabase - for motiver opdaget
              af glam2;
 glam2format: konverterer glam2-motiver til standardjusterede formater;
 glam2mask:   maskerer glam2-motiver ud af sekvenser, så svagere motiver
              kan findes;
 glam2-purge: fjerner medlemmer med stor lighed fra et sæt af sekvenser.

I denne binære pakke blev den hurtige Fourier-algoritme (FFT) aktiveret for glam2.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Searching, Supports Format: works-with-format::TODO, works-with-format::plaintext, Works with: Need an extra tag

Other Packages Related to glam2

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libfftw3-double3 (>= 3.3.10) [not ia64]

  Bibliotek for beregning af Fast Fourier Transforms - dobbelt præcision

  dep: libfftw3-double3 (>= 3.3.5) [ia64]

Download glam2

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1064-10	228.5 kB	697.0 kB	[list of files]
amd64	1064-10	231.0 kB	513.0 kB	[list of files]
arm64	1064-10	223.8 kB	633.0 kB	[list of files]
armel	1064-10	216.7 kB	472.0 kB	[list of files]
armhf	1064-10	213.8 kB	404.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1064-10	219.3 kB	477.0 kB	[list of files]
i386	1064-10	233.7 kB	528.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1064-9	250.9 kB	717.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1064-10	213.6 kB	452.0 kB	[list of files]
mips64el	1064-10	229.4 kB	721.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1064-10	240.3 kB	761.0 kB	[list of files]
ppc64el	1064-10	242.7 kB	761.0 kB	[list of files]
riscv64	1064-10	231.1 kB	453.0 kB	[list of files]
s390x	1064-10	239.7 kB	553.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1064-10	225.7 kB	564.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1064-10	214.4 kB	5,374.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1064-10	230.2 kB	500.0 kB	[list of files]