Pacote: glam2 (1064-10 e outros)

[ Fonte: glam2  ]

gapped protein motifs from unaligned sequences

GLAM2 is a software package for finding motifs in sequences, typically amino-acid or nucleotide sequences. A motif is a re-occurring sequence pattern: typical examples are the TATA box and the CAAX prenylation motif. The main innovation of GLAM2 is that it allows insertions and deletions in motifs.

This package includes programs for discovering motifs shared by a set of sequences and finding matches to these motifs in a sequence database, as well as utilities for converting glam2 motifs to standard alignment formats, masking glam2 motifs out of sequences so that weaker motifs can be found, and removing highly similar members of a set of sequences.

The package includes these programs:

 glam2:       discovering motifs shared by a set of sequences;
 glam2scan:   finding matches, in a sequence database, to a motif discovered
              by glam2;
 glam2format: converting glam2 motifs to  standard alignment formats;
 glam2mask:   masking glam2 motifs out of sequences, so that weaker motifs
              can be found;
 glam2-purge: removing highly similar members of a set of sequences.

In this binary package, the fast Fourier algorithm (FFT) was enabled for the glam2 program.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c, interface::commandline, Função: Programa, Alcance: Utilitários, Propósito: use::analysing, use::comparing, Busca, Suporta o formato: works-with-format::TODO, works-with-format::plaintext, Funciona com: Precisa de uma etiqueta extra

Outros pacotes relacionados a glam2

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

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  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

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  dep: libfftw3-double3 (>= 3.3.5) [ia64]

Download de glam2

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1064-10	228.5 kB	697.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1064-10	231.0 kB	513.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1064-10	223.8 kB	633.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1064-10	216.7 kB	472.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1064-10	213.8 kB	404.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1064-10	219.3 kB	477.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1064-10	233.7 kB	528.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1064-9	250.9 kB	717.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1064-10	236.1 kB	553.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1064-10	213.6 kB	452.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1064-10	229.4 kB	721.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1064-10	240.3 kB	761.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1064-10	242.7 kB	761.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1064-10	231.1 kB	453.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1064-10	239.7 kB	553.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1064-10	225.7 kB	564.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1064-10	214.4 kB	5,374.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1064-10	230.2 kB	500.0 kB	[lista de arquivos]