Package: r-bioc-gviz (1.48.0+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-gviz  ]

Plot data og annotationsinformation langs genomiske koordinater

Genomiske dataanalyser kræver integreret visualisering af kendt genomisk information og nye eksperimentelle data. Givz bruger pakkerne biomaRt og rtracklayer til at udføre live annotationforespørgsler til Ensembl og UCSC og oversætter dette til f.eks. gen/transkript-strukturer i viewports fra grafikpakken grid. Dette giver som resultat genomisk information plottet sammen med dine data.

Other Packages Related to r-bioc-gviz

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0)

  GNU R Annotation Database-grænseflade for BioConductor

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biomart (>= 2.60.1)

  GNU R Interface til BioMart-databsaer (Ensembl, COSMIC, Wormbase og Gramene)

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-biovizbase (>= 1.52.0)

  GNU R-grundlæggende grafiske redskaber for visualsiering af genomiske data

• dep: r-bioc-bsgenome (>= 1.72.0)

  BioConductor-infrastruktur for Biostrings-baserede arvemassepakker

• dep: r-bioc-ensembldb (>= 2.28.0)

  GNU R-redskaber til at oprette og bruge en Ensembl-baseret annotationsdatabase

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)

  Bioconductor-repræsentation og manipulering af korte arvemassesammenligninger

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)

  GNU R-binær sammenligning (BAM), variantkald (BCF) eller tabix-filimport

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.44.0)

  BioConductor-repræsentation og manipulering af eksterne sekvenser

• dep: r-cran-digest (>= 0.6.8)

  GNU R package for 'hash digest' of R data structures

• dep: r-cran-lattice

  GNU R-pakke for »Trellis«-grafik

• dep: r-cran-latticeextra (>= 0.6-26)

  GNU R-pakke for yderligere grafiske visninger baseret på lattice

• dep: r-cran-matrixstats (>= 0.8.14)

  GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R-pakke der tilbyder egnede farvepaletter

• sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

• sug: r-cran-xml2

  GNU R XML-fortolker

Download r-bioc-gviz

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	5,044.6 kB	6,999.0 kB	[list of files]