Package: r-bioc-dada2 (1.34.0+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-dada2  ]

Experimental package

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

Prøveslutning fra amplicon-sekventeringsdata

Pakken dada2 bidrager til programarbejdsforløb for at fortolke sekventeringsdata fra mikrobiota - den relative overflod af bakteriel og/eller gær, typisk målt i tarmen. Det udleder de nøjagtige amplicon-sekvensvarianter (ASV'er) fra høj gennemløb amplicon-sekventeringsdata, erstatter den grovere og mindre nøjagtige OTU-klyngetilgang. Dada2-datakanalen bruger som datademultipleksede fastq-filer, og udlæser sekvensvarianterne og deres stikprøvemæssige mængder efter at have fjernet substitution og kimære fejl. Taksonomisk klassificering er tilgængelig via en indbygget implementering af RDP-naiv bayesiansk klassifikator og tildeling på artsniveau til 16S rRNA-genfragmenter ved nøjagtig matchning.

Other Packages Related to r-bioc-dada2

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libtbb12 (>= 2021.4.0)

  parallelism library for C++ - runtime files

• dep: r-api-4.0

  Package not available

• dep: r-api-bioc-3.20

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.22.0)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.42.1)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.6.0)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-shortread (>= 1.32.0)

  GNU R - klasser og metoder for høj-gennemløb kort-læsning sekventeringsdata

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.16.0)

  BioConductor-repræsentation og manipulering af eksterne sekvenser

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 2.1.0)

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.0)

  GNU R-pakke for Seamless R og C++-integration

• dep: r-cran-rcppparallel (>= 4.3.0)

  parallel programming tools for Rcpp

• dep: r-cran-reshape2 (>= 1.4.1)

  Fleksibelt omdanne data - en genstart af pakken reshape

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

Download r-bioc-dada2

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2,745.5 kB	3,148.0 kB	[list of files]