Paket: r-bioc-dada2 (1.34.0+dfsg-1)

[ Källkod: r-bioc-dada2  ]

Experimentellt paket

Varning: Paketet är från den experimentella utgåvan. Det innebär att det med stor sannolikhet är instabilt eller innehåller fel, och kanske till och med kan orsaka dataförluster. Se till att läsa ändringsloggen och annan dokumentation innan du använder det.

sample inference from amplicon sequencing data

The dada2 package contributes to software workflows to interpret sequencing data from microbiota - the relative abundance of bacterial and/or yeast, typically measured in the gut. It infers exact amplicon sequence variants (ASVs) from high-throughput amplicon sequencing data, replacing the coarser and less accurate OTU clustering approach. The dada2 pipeline takes as input demultiplexed fastq files, and outputs the sequence variants and their sample-wise abundances after removing substitution and chimera errors. Taxonomic classification is available via a native implementation of the RDP naive Bayesian classifier, and species-level assignment to 16S rRNA gene fragments by exact matching.

Andra paket besläktade med r-bioc-dada2

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC stödbibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• dep: libtbb12 (>= 2021.4.0)

  parallelism library for C++ - runtime files

• dep: r-api-4.0

  Paketet inte tillgängligt

• dep: r-api-bioc-3.20

  virtuellt paket som tillhandahålls av r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.22.0)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.42.1)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.6.0)

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-shortread (>= 1.32.0)

  GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.16.0)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 2.1.0)

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.0)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-rcppparallel (>= 4.3.0)

  parallel programming tools for Rcpp

• dep: r-cran-reshape2 (>= 1.4.1)

  Flexibly reshape data: a reboot of the reshape package

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

Hämta r-bioc-dada2

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	2.745,5 kbyte	3.148,0 kbyte	[filförteckning]