Package: pizzly (0.37.3+ds-10)

[ Source: pizzly  ]

Experimental package

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

Identificerer genfusioner i RNA-sekventeringsdata

Til fortolkningen af transkriptomet (overfloden og sekvens af RNA) af kræftceller er man især interesseret i transskriptioner, der ikke kan kortlægges til enkeltstående gener, men som ses at være fusioneret som dele fra to gener. Sandsynlige forklaringer er kromosomale translokationer.

Pizzly kan identificere nye sådanne særheder ved at bygge videre på fortolkninger af variabel splejsning med værktøjet kallisto. Begge værktøjer er elementer i bcbio-arbejdsgangen.

Other Packages Related to pizzly

• dep: kallisto

  Næsten optimal RNA-Seq-kvantificering

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not alpha, riscv64, sparc64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: python3-h5py

  Almene Pythongrænseflader til hdf5

Download pizzly

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	270.6 kB	995.0 kB	[list of files]
amd64	306.3 kB	936.0 kB	[list of files]
arm64	265.5 kB	928.0 kB	[list of files]
mips64el	259.3 kB	1,025.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	295.7 kB	1,120.0 kB	[list of files]
ppc64el	298.3 kB	1,056.0 kB	[list of files]
riscv64	293.0 kB	728.0 kB	[list of files]
s390x	299.1 kB	952.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	240.1 kB	1,062.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	306.3 kB	883.0 kB	[list of files]