Package: spades (4.0.0+dfsg1-1)

[ Source: spades  ]

Experimental package

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

Genomsamler for single-celle- og isolates-datasæt

SPAdes - St. Petersburg-genomsamleren er lavet for både isolates- og single-celle MDA-bateriesamlinger. Den fungerer med Illumina- eller IonTorrent-læsninger og kan tilbyde hybride samlinger, der bruger PacBio- og Sangerlæsninger. Du kan også tilbyde yderligere contigs, som vil blive brugt som lange læsninger.

Denne pakke tilbyder de følgende yderligere datakanaler:

 * metaSPAdes – en datakanal for metagenomiske datasæt
 * plasmidSPAdes – en datakanal til at udtrække og samle plasmids fra
   WGS-datasæt
 * metaplasmidSPAdes – en datakanal til at udtrække og samle plasmids
   fra metagenomiske datasæt
 * rnaSPAdes – en de novo transkriptom-samler fra RNA-Seq-data
 * truSPAdes – et modul for TruSeq-stregkodesamling
 * biosyntheticSPAdes – et modul for biosyntetisk genklyngesamling med
   paired-end læsninger

SPAdes tilbyder flere uafhængige binære filer med en relativ simpel kommandolinjegrænseflade: optælling af k-mer (spades-kmercounter), grafkonstruktion over samling (spades-gbuilder) og en lang læsning til grafsammenligning (spades-gmapper).

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Implemented in: Python, User Interface: interface::commandline, role::program, Scope: Utility, Works with: works-with::biological-sequence, works-with::file

Other Packages Related to spades

• dep: bamtools

  Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)

  nonlinear optimization library

• dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.5)

  SIMD-sammenligningsværktøj for partial order

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-packaging

  Grundlæggende redskaber for Python 3-pakker

• dep: python3-yaml

  YAML-fortolker og udleder for Python 3

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download spades

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	7,872.8 kB	46,657.0 kB	[list of files]