Package: spades (3.15.5+dfsg-7)

[ Source: spades  ]

Genomsamler for single-celle- og isolates-datasæt

SPAdes - St. Petersburg-genomsamleren er lavet for både isolates- og single-celle MDA-bateriesamlinger. Den fungerer med Illumina- eller IonTorrent-læsninger og kan tilbyde hybride samlinger, der bruger PacBio- og Sangerlæsninger. Du kan også tilbyde yderligere contigs, som vil blive brugt som lange læsninger.

Denne pakke tilbyder de følgende yderligere datakanaler:

 * metaSPAdes – en datakanal for metagenomiske datasæt
 * plasmidSPAdes – en datakanal til at udtrække og samle plasmids fra
   WGS-datasæt
 * metaplasmidSPAdes – en datakanal til at udtrække og samle plasmids
   fra metagenomiske datasæt
 * rnaSPAdes – en de novo transkriptom-samler fra RNA-Seq-data
 * truSPAdes – et modul for TruSeq-stregkodesamling
 * biosyntheticSPAdes – et modul for biosyntetisk genklyngesamling med
   paired-end læsninger

SPAdes tilbyder flere uafhængige binære filer med en relativ simpel kommandolinjegrænseflade: optælling af k-mer (spades-kmercounter), grafkonstruktion over samling (spades-gbuilder) og en lang læsning til grafsammenligning (spades-gmapper).

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Implemented in: Python, User Interface: interface::commandline, role::program, Scope: Utility, Works with: works-with::biological-sequence, works-with::file

Other Packages Related to spades

• dep: bamtools

  Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)

  nonlinear optimization library

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-packaging

  Grundlæggende redskaber for Python 3-pakker

• dep: python3-yaml

  YAML-fortolker og udleder for Python 3

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download spades

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	8,808.6 kB	38,720.0 kB	[list of files]