パッケージ: spades (4.0.0+dfsg1-1)

[ ソース: spades  ]

試験的な (experimental の) パッケージ

警告: このパッケージは experimental ディストリビューションのものです。つまり、おそらく不安定でバグがあり、それどころかデータの損失を起こすかもしれません。使用前には、変更履歴やその他の参照可能なドキュメントを必ず調べてください。

genome assembler for single-cell and isolates data sets

The SPAdes – St. Petersburg genome assembler is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads.

This package provides the following additional pipelines:

 * metaSPAdes – a pipeline for metagenomic data sets
 * plasmidSPAdes – a pipeline for extracting and assembling plasmids
   from WGS data sets
 * metaplasmidSPAdes – a pipeline for extracting and assembling
   plasmids from metagenomic data sets
 * rnaSPAdes – a de novo transcriptome assembler from RNA-Seq data
 * truSPAdes – a module for TruSeq barcode assembly
 * biosyntheticSPAdes – a module for biosynthetic gene cluster
   assembly with paired-end reads

SPAdes provides several stand-alone binaries with relatively simple command-line interface: k-mer counting (spades-kmercounter), assembly graph construction (spades-gbuilder) and long read to graph aligner (spades-gmapper).

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, 実装言語: Python, ユーザインタフェース: interface::commandline, role::program, 対象範囲: ユーティリティ, 取り扱い対象: works-with::biological-sequence, works-with::file

その他の spades 関連パッケージ

• dep: bamtools

  BAM（ゲノムアラインメント）ファイルの操作用ツール

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)

  nonlinear optimization library

• dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.5)

  SIMD partial order alignment library

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-packaging

  core utilities for python3 packages

• dep: python3-yaml

  YAML parser and emitter for Python3

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

spades のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	7,872.8 kB	46,657.0 kB	[ファイル一覧]