Package: miniasm (0.3+dfsg-1)

[ Source: miniasm  ]

Ultrahurtig de novo assembler for lange støjfyldte DNA-sekvenslæsninger

Miniasm er en eksperimentel meget hurtig OLC-baseret de novo-assembler for støjfyldte lange læsninger. Den anvender alle-vs-alle læste egenoversættelser (typisk udført af minimap) som inddata og fremstiller en samlingsgraf i GFA-formatet. Forskellig fra de vigtigste assemblere da miniasm ikke har et koncensustrin. Programmet sammenkæder stykker af læste sekvenser for at oprette de endelige unitig-sekvenser. Dermed er per basis fejlraten lig de rå inddatalæsninger.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, Role: role::program, science::calculation, Purpose: Calculating, use::comparing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to miniasm

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: minimap

  Værktøj til omtrentlig oversættelse af lange biosekvenser såsom DNA-læsninger

Download miniasm

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
i386	32.0 kB	74.0 kB	[list of files]