Package: zalign (0.9.1-5)

[ Source: zalign  ]

Parallel lokal sammenligning af biologiske sekvenser

ZAlign er en lokal sekvenssammenligner, specielt lavet for brug med store biologiske DNA-sekvenser, med mere end 1 Mbp (millioner basispar). Den bruger Smith-Watermans præcise algoritme med affine gap cost-funktion til at udføre denne opgave.

ZAlign kan bruges både i distribuerede (for eksempel klynger) eller uafhængige miljøer. I øjeblikket er programmet blevet testet både på Linux og Sun Solaris, med brug af både MPICH- (http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpi/mpich1/) og OpenMPI- implementeringer (http://www.open-mpi.org/). Oversættelser (ports) til andre Unix-lignende miljøer er under kraftig overvejelse.

Other Packages Related to zalign

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libopenmpi3 (>= 4.0.5)

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - delt bibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 4.9)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

Download zalign

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	47.9 kB	267.0 kB	[list of files]
arm64	45.1 kB	263.0 kB	[list of files]
armel	25.4 kB	117.0 kB	[list of files]
armhf	25.6 kB	97.0 kB	[list of files]
i386	48.4 kB	261.0 kB	[list of files]
mips64el	50.3 kB	550.0 kB	[list of files]
mipsel	48.9 kB	318.0 kB	[list of files]
ppc64el	50.7 kB	415.0 kB	[list of files]
s390x	46.5 kB	287.0 kB	[list of files]