Package: r-bioc-purecn (1.20.0+dfsg-3)

[ Source: r-bioc-purecn  ]

Kopier nummerkald og SNV-klassifikation via målrettet kort læsningssekventering

Denne pakke estimerer tumorrenhed, kopiantal og tab af heterozygositet (LOH), og klassificerer enkeltnukleotidvarianter (SNV'er) efter somatisk status og klonalitet. PureCN er designet til målrettede korte læsningssekventeringsdata, integrerer sig godt med somatisk variantregistrering og kopinummerdatakanalser samt har understøttelse for tumorprøver uden matchende normale prøver.

Other Packages Related to r-bioc-purecn

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-bioc-biocgenerics

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-dnacopy

  R-pakke: dataanalyse af DNA-kopinummer

• dep: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.20.3)

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.2.1)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-rhdf5

  BioConductor HDF5 interface to R

• dep: r-bioc-rsamtools

  GNU R-binær sammenligning (BAM), variantkald (BCF) eller tabix-filimport

• dep: r-bioc-rtracklayer

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor - assay-container

• dep: r-bioc-variantannotation (>= 1.14.1)

  BioConductor-annotation af genetiske varianter

• dep: r-cran-data.table

  GNU R-udvidelse af Data.frame

• dep: r-cran-futile.logger

  Logredskab for GNU R

• dep: r-cran-ggplot2

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-gridextra

  GNU R-pakke med udvidelser for pakken grid

• dep: r-cran-matrix

  GNU R-pakke til klasser for tætte matricer og matricer med få udfald

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R-pakke der tilbyder egnede farvepaletter

• dep: r-cran-vgam

  GNU R-pakke for estimering af vektorgeneraliserede additive modeller

• rec: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

• sug: r-bioc-biocparallel

  BioConductor - faciliteter for parallel evulering

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  Genom-bred annotation for mennesker

• sug: r-cran-covr

  test coverage for GNU R packages

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-optparse

  GNU/R-fortolker for kommandolinjetilvalg

• sug: r-cran-pscbs

  R-pakke - analyse af overordnede og specifikke DNA-kopinumre

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

Download r-bioc-purecn

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	5,180.1 kB	8,174.0 kB	[list of files]