Package: r-bioc-purecn (2.10.0+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-purecn  ]

Kopier nummerkald og SNV-klassifikation via målrettet kort læsningssekventering

Denne pakke estimerer tumorrenhed, kopiantal og tab af heterozygositet (LOH), og klassificerer enkeltnukleotidvarianter (SNV'er) efter somatisk status og klonalitet. PureCN er designet til målrettede korte læsningssekventeringsdata, integrerer sig godt med somatisk variantregistrering og kopinummerdatakanalser samt har understøttelse for tumorprøver uden matchende normale prøver.

Other Packages Related to r-bioc-purecn

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-dnacopy (>= 1.78.0)

  R-pakke: dataanalyse af DNA-kopinummer

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.2.1)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-rhdf5 (>= 2.48.0)

  BioConductor HDF5 interface to R

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)

  GNU R-binær sammenligning (BAM), variantkald (BCF) eller tabix-filimport

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

  BioConductor - assay-container

• dep: r-bioc-variantannotation (>= 1.50.0)

  BioConductor-annotation af genetiske varianter

• dep: r-cran-data.table

  GNU R-udvidelse af Data.frame

• dep: r-cran-futile.logger

  Logredskab for GNU R

• dep: r-cran-ggplot2

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-gridextra

  GNU R-pakke med udvidelser for pakken grid

• dep: r-cran-matrix

  GNU R-pakke til klasser for tætte matricer og matricer med få udfald

• dep: r-cran-mclust

  Gaussian Mixture Modelling for Model-Based Clustering

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R-pakke der tilbyder egnede farvepaletter

• dep: r-cran-vgam

  GNU R-pakke for estimering af vektorgeneraliserede additive modeller

• sug: r-bioc-biocparallel

  BioConductor - faciliteter for parallel evulering

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  Genom-bred annotation for mennesker

• sug: r-cran-covr

  test coverage for GNU R packages

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-markdown

  GNU R-pakke der tilbyder R-bindinger til Sundown Markdown-optegningsbiblioteket

• sug: r-cran-optparse

  GNU/R-fortolker for kommandolinjetilvalg

• sug: r-cran-pscbs

  R-pakke - analyse af overordnede og specifikke DNA-kopinumre

• sug: r-cran-r.utils

  GNU R - diverse programmeringsredskaber

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

Download r-bioc-purecn

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	5,883.4 kB	6,925.0 kB	[list of files]