Package: ivar (1.3+dfsg-1)

[ Source: ivar  ]

Funktioner brugt bredt for viral amplicon-baseret sekventering

iVar er en beregningspakke, der indeholder funktioner brugt bredt for viral amplicon-baseret sekventering. Yderligere værktøjer for metagenomisk sekventering bliver aktivt indarbejdet i iVar. Mens hver af disse funktioner kan opnås via eksisterende værktøjer, så indeholder iVar en skæring af funktionalitet fra flere værktøjer, der er krævet for at kalde iSNV'er og konsensussekvenser fra virale sekventeringsdata på tværs af flere replikaer. iVar tilbyder de følgende funktioner:

 1. trimning af primere og lavkvalitets baser
 2. konsensuskald
 3. variantkald - både iSNV'er og indsættelser/sletninger
 4. identifikation af forskelle mellem to primersekvenser og ekskludering
    af de tilsvarende læsninger fra sammenligningsfiler

Other Packages Related to ivar

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not i386, mipsel]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• rec: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

Download ivar

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	202.9 kB	1,614.0 kB	[list of files]
arm64	191.3 kB	1,606.0 kB	[list of files]
i386	217.8 kB	1,617.0 kB	[list of files]
mips64el	266.0 kB	2,502.0 kB	[list of files]
mipsel	264.8 kB	2,392.0 kB	[list of files]