Pakiet: ivar (1.3+dfsg-1)

[ Pakiet źródłowy: ivar  ]

functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing

iVar is a computational package that contains functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing. Additional tools for metagenomic sequencing are actively being incorporated into iVar. While each of these functions can be accomplished using existing tools, iVar contains an intersection of functionality from multiple tools that are required to call iSNVs and consensus sequences from viral sequencing data across multiple replicates. iVar provided the following functions:

 1. trimming of primers and low-quality bases,
 2. consensus calling,
 3. variant calling - both iSNVs and insertions/deletions, and
 4. identifying mismatches to primer sequences and excluding the
    corresponding reads from alignment files.

Inne pakiety związane z ivar

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie i386, mipsel]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• rec: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Pobieranie ivar

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	202,9 KiB	1 614,0 KiB	[lista plików]
arm64	191,3 KiB	1 606,0 KiB	[lista plików]
i386	217,8 KiB	1 617,0 KiB	[lista plików]
mips64el	266,0 KiB	2 502,0 KiB	[lista plików]
mipsel	264,8 KiB	2 392,0 KiB	[lista plików]