Package: idba (1.1.3-7)
Links for idba
Debian Resources:
Download Source Package idba:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Iterativ De Bruijn Graph De Novo-kortlæserassemblere
IDBA står for iterative de Bruijn-grafassembler. I beregningssekvensbiologi så løser en assembler puslespillet fra store sekvensmaskiner, som har mange gigabyte med korte læsninger fra et stort genom.
Denne pakke tilbyder flere varianter af IDBA-assembleren, da de alle deler det samme kildetræ men har forskellige formål og udvikler sig over tid.
IDBA er den grundlæggende iterativ de Bruijn-grafassembler for anden generations sekvenslæsninger. IDBA-UD, en udvidelse af IDBA, er designet til at udnytte parret-slut-læsninger til at samle regioner på lav dybde og bruge progressiv dybde på config'er til at reducere fejl i regioner med høj dybde. Det er en generisk formålsassembler og specielt god til enkel-celle og metagenomiske sekvensdata. IDBA-Hybrid er en anden opdateret version af IDBA-UD, som kan gør brug af et lignende referencegenmom til at forbedre assembly-resultat. IDBA-Tran er en iterativ de Bruijn-grafassembler for RNA-seq-data.
Other Packages Related to idba
|
|
|
|
-
- dep: libatomic1 (>= 4.8) [mipsel]
- Understøttelsesbibliotek der tilbyder __atomic indbyggede funktioner
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]
- dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
Download idba
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|
amd64 | 640.5 kB | 4,190.0 kB | [list of files] |
arm64 | 598.2 kB | 3,766.0 kB | [list of files] |
armel | 591.0 kB | 3,866.0 kB | [list of files] |
armhf | 606.4 kB | 3,198.0 kB | [list of files] |
i386 | 691.9 kB | 4,490.0 kB | [list of files] |
mips64el | 651.4 kB | 4,848.0 kB | [list of files] |
mipsel | 668.1 kB | 4,901.0 kB | [list of files] |
ppc64el | 647.4 kB | 4,630.0 kB | [list of files] |
s390x | 610.1 kB | 4,358.0 kB | [list of files] |