Package: idba (1.1.3-8)

[ Source: idba  ]

Iterativ De Bruijn Graph De Novo-kortlæserassemblere

IDBA står for iterative de Bruijn-grafassembler. I beregningssekvensbiologi så løser en assembler puslespillet fra store sekvensmaskiner, som har mange gigabyte med korte læsninger fra et stort genom.

Denne pakke tilbyder flere varianter af IDBA-assembleren, da de alle deler det samme kildetræ men har forskellige formål og udvikler sig over tid.

IDBA er den grundlæggende iterativ de Bruijn-grafassembler for anden generations sekvenslæsninger. IDBA-UD, en udvidelse af IDBA, er designet til at udnytte parret-slut-læsninger til at samle regioner på lav dybde og bruge progressiv dybde på config'er til at reducere fejl i regioner med høj dybde. Det er en generisk formålsassembler og specielt god til enkel-celle og metagenomiske sekvensdata. IDBA-Hybrid er en anden opdateret version af IDBA-UD, som kan gør brug af et lignende referencegenmom til at forbedre assembly-resultat. IDBA-Tran er en iterativ de Bruijn-grafassembler for RNA-seq-data.

Other Packages Related to idba

• dep: libatomic1 (>= 4.8) [mipsel]

  Understøttelsesbibliotek der tilbyder __atomic indbyggede funktioner

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Download idba

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	627.6 kB	4,037.0 kB	[list of files]
arm64	585.5 kB	3,797.0 kB	[list of files]
armel	565.6 kB	3,793.0 kB	[list of files]
armhf	575.0 kB	3,089.0 kB	[list of files]
i386	672.0 kB	4,261.0 kB	[list of files]
mips64el	644.8 kB	4,896.0 kB	[list of files]
mipsel	653.9 kB	4,860.0 kB	[list of files]
ppc64el	652.4 kB	4,757.0 kB	[list of files]
s390x	599.5 kB	4,293.0 kB	[list of files]