[ Source: parsnp ]
Package: parsnp (1.7.4+dfsg-2)
Links for parsnp
Debian Resources:
Download Source Package parsnp:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [harvest.readthedocs.org]
Similar packages:
Hurtig grundlæggende gensammenligning
Parsnp blev designet til at sammenligne det grundlæggende genom for hundredvis til tusindvis af bakteriegenomer på nogle få minutter til nogle få timer. Inddata kan være både prøvesamlinger og færdige genomer, og resultatet inkluderer variantkald (SNP), grundlæggende genomfylogeni og flere sammenligninger. Parsnp udnytter kontekstinformation tilbudt af flere sammenligninger omgivende SNP-sider til at filtrere/rense, udover eksisterende værktøjer for ny registrering/filtrering af kombination og fylogenetisk rekonstruktion.
Other Packages Related to parsnp
|
|
|
|
-
- dep: fasttree
- Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser
-
- dep: harvest-tools
- Arkivering og efterbehandling for referencekomprimerede genomiske fler-justeringer
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
-
- dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)
- Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: mummer
- Effektiv sekvensjustering for hele genomer
-
- dep: phipack
- PHI-test og andre test med rekombination
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-biopython
- Python 3-bibliotek for bioinformatik
-
- dep: python3-numpy
- Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget
-
- dep: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer
-
- rec: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3
Download parsnp
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 191.3 kB | 1,920.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 181.8 kB | 1,920.0 kB | [list of files] |
| armel | 175.5 kB | 1,919.0 kB | [list of files] |
| armhf | 171.7 kB | 1,855.0 kB | [list of files] |
| i386 | 194.3 kB | 1,931.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 193.9 kB | 1,994.0 kB | [list of files] |
| mipsel | 193.6 kB | 1,992.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 205.6 kB | 1,984.0 kB | [list of files] |
| s390x | 175.4 kB | 1,920.0 kB | [list of files] |