Package: gubbins (2.4.1-5)

[ Source: gubbins  ]

Fylogenetisk analyse af genomsekenser

Gubbins understøtter hurtig fylogenetisk analyse af store prøver af rekombinante bakterielle hele genomsekvenser.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) er en algoritme, der iterativt identificerer loci indeholdende forhøjede tætheder af basesubstitutioner, mens der samtidigt konstrueres en fylogeni baseret på de formodede punktmutationer uden for disse regioner. Simuleringer der påviser algoritmen frembringer meget præcise rekonstruktioner under realistiske modeller af kortsigtet bakteriel evolution, og kan køres i kun et par timer på justeringer af hundreder af bakterielle genomsekvenser.

Other Packages Related to gubbins

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: fasttree

  Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser

• rec: iqtree

  Effektivt fylogenetisk program ved maksimal sandsynlighed

Download gubbins

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
i386	58.3 kB	238.0 kB	[list of files]