Pakiet: gubbins (2.4.1-5)
Odnośniki dla gubbins
Zasoby systemu Debian:
- Raporty o błędach
- Developer Information
- Dziennik zmian w systemie Debian
- Informacje nt. praw autorskich
- Śledzenie łatek systemu Debian
Pobieranie pakietu źródłowego gubbins:
Opiekunowie:
- Debian Med Packaging Team (Strona QA, Archiwum e-mail)
- Andreas Tille (Strona QA)
- Étienne Mollier (Strona QA)
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [sanger-pathogens.github.io]
Podobne pakiety:
phylogenetic analysis of genome sequences
Gubbins supports rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences.
Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) is an algorithm that iteratively identifies loci containing elevated densities of base substitutions while concurrently constructing a phylogeny based on the putative point mutations outside of these regions. Simulations demonstrate the algorithm generates highly accurate reconstructions under realistic models of short-term bacterial evolution, and can be run in only a few hours on alignments of hundreds of bacterial genome sequences.
Inne pakiety związane z gubbins
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
-
- dep: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
-
- dep: raxml
- Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze
Pobieranie gubbins
Architektura | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|
i386 | 58,3 KiB | 238,0 KiB | [lista plików] |