Package: centrifuge (1.0.3-11)

[ Source: centrifuge  ]

Hurtigt og hukommelseseffektivt system til klassifikation af DNA-sekvenser

Centrifuge er et meget hurtigt og hukommelseseffektivt system for klassifikation af DNA-sekvenser fra mikrobielle prøver, med bedre sensitivitet end og sammenlignelig præcision til andre ledende systemer. Systemet bruger et nyt indekseringsskema baseret på Burrows-Wheeler transform (BWT) og Ferragina-Manzini-indeks (FM), optimeret specifikt for det metagenomiske klassifikationsproblem. Centrifuge kræver et relativt lille indeks (f.eks. 4.3 GB for ~4,100 bakteriegenomer) men tilbyder meget hurtig klassifikationshastighed, så programmet kan behandle en typisk DNA-sekvenskørsel på en time. Sammen aktiverer disse fremskridt en præcis analyse af store metagenomiske datasæt på konventionelle skrivebordscomputere.

Other Packages Related to centrifuge

• dep: hisat2

  Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer

• dep: jellyfish

  Tæl k-mers i DNA-sekvenser

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Download centrifuge

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	541.3 kB	1,663.0 kB	[list of files]
arm64	501.1 kB	1,597.0 kB	[list of files]
armel	496.7 kB	1,653.0 kB	[list of files]
armhf	486.7 kB	1,269.0 kB	[list of files]
i386	552.2 kB	1,813.0 kB	[list of files]
mips64el	525.8 kB	1,894.0 kB	[list of files]
ppc64el	564.0 kB	1,853.0 kB	[list of files]