Package: umis (1.0.8-3 and others)

[ Source: umis  ]

Værktøjer til at behandle UMI RNA-mærkedata

Umis tilbyder værktøjer til at estimere udtryk i RNA-Seq-data, der udfører sekventering af slutmærker for transkript og indarbejde molekylære mærker til at rette amplifikationsbias.

Der er fire trin i denne proces.

 1. Formatering af læsninger
 2. Filtrering af cellulære stregkoder ramt af støj
 3. Pseudooversættelse til cDNA'er
 4. Tælle molekylære identifikatorer

Other Packages Related to umis

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.11~)

• dep: python3-click

  Omslag omkring optparse for kommandolinjeredskaber - Python 3.x

• dep: python3-pandas

  Datastrukturer for »relationelle« data eller »etiketdata«

• dep: python3-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• dep: python3-regex

  Alternativt regulært udtryksmodul - Python 3

• dep: python3-scipy

  Videnskabelige værktøjer for Python 3

• dep: python3-toolz

  List processing tools and functional utilities

• sug: umis-examples

  Værktøjer til at behandle UMI RNA-mærkedata - eksempler

Download umis

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
arm64	1.0.8-3+b1	25.6 kB	157.0 kB	[list of files]