Balík: umis (1.0.8-3 a iné)

[ Zdroj: umis  ]

tools for processing UMI RNA-tag data

Umis provides tools for estimating expression in RNA-Seq data which performs sequencing of end tags of transcript, and incorporate molecular tags to correct for amplification bias.

There are four steps in this process.

 1. Formatting reads
 2. Filtering noisy cellular barcodes
 3. Pseudo-mapping to cDNAs
 4. Counting molecular identifiers

Ostatné balíky súvisiace s balíkom umis

• dep: libc6 (>= 2.17)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.11~)

• dep: python3-click

  wrapper optparse na tvorbu mocných nástrojov príkazového riadka - Python 3.x

• dep: python3-pandas

  údajové štruktúry „relačných“ dát alebo dát „s označením“

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-regex

  alternatívny modul regulárnych výrazov - Python 3

• dep: python3-scipy

  vedecké nástroje pre Python 3

• dep: python3-toolz

  List processing tools and functional utilities

• sug: umis-examples

  tools for processing UMI RNA-tag data (examples)

Stiahnuť umis

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
arm64	1.0.8-3+b1	25.6 kB	157.0 kB	[zoznam súborov]