Пакет: spaced (1.2.0-201605+dfsg-4)

[ Източник: spaced  ]

alignment-free sequence comparison using spaced words

Spaced (Words) is a new approach to alignment-free sequence comparison. While most alignment-free algorithms compare the word-composition of sequences, spaced uses a pattern of care and don't care positions. The occurrence of a spaced word in a sequence is then defined by the characters at the match positions only, while the characters at the don't care positions are ignored. Instead of comparing the frequencies of contiguous words in the input sequences, this new approach compares the frequencies of the spaced words according to the pre-defined pattern. An information-theoretic distance measure is then used to define pairwise distances on the set of input sequences based on their spaced-word frequencies. Systematic test runs on real and simulated sequence sets have shown that, for phylogeny reconstruction, this multiple-spaced-words approach is far superior to the classical alignment-free approach based on contiguous word frequencies.

Други пакети, свързани с spaced

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libgomp1 (>= 9)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Изтегляне на spaced

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	58,3 кБ	216,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	59,4 кБ	168,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	52,3 кБ	152,0 кБ	[списък на файловете]
armel	53,0 кБ	151,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	51,9 кБ	111,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	63,5 кБ	165,0 кБ	[списък на файловете]
i386	66,2 кБ	179,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	73,9 кБ	301,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	59,2 кБ	167,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	58,6 кБ	223,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	62,4 кБ	216,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	62,0 кБ	216,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	57,7 кБ	128,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	61,9 кБ	180,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	72,2 кБ	215,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	51,0 кБ	1 050,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	59,0 кБ	159,0 кБ	[списък на файловете]