Пакет: fasttree (2.1.11-2 и други)

Връзки за fasttree

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник fasttree.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [www.microbesonline.org]

Подобни пакети:

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences. It handles alignments with up to a million of sequences in a reasonable amount of time and memory. For large alignments, FastTree is 100-1,000 times faster than PhyML 3.0 or RAxML 7.

FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the reliability of each split in the tree, FastTree computes local support values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's "SH-like local supports").

This package contains a single threaded version (fasttree) and a parallel version which uses OpenMP (fasttreMP).

Други пакети, свързани с fasttree

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libc6 (>= 2.29) [не alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]
dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP (GOMP) support library

Изтегляне на fasttree

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	2.1.11-2	176,6 кБ	531,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	2.1.11-2	176,6 кБ	483,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.1.11-2+b1	171,2 кБ	507,0 кБ	[списък на файловете]
armel	2.1.11-2	172,2 кБ	509,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	2.1.11-2	164,9 кБ	385,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	2.1.11-2	170,8 кБ	471,0 кБ	[списък на файловете]
i386	2.1.11-2	178,9 кБ	517,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	2.1.11-2	208,6 кБ	857,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	2.1.11-2	161,9 кБ	465,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.1.11-2	171,5 кБ	527,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	2.1.11-2	181,7 кБ	635,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.1.11-2	181,9 кБ	635,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	2.1.11-2+b1	178,3 кБ	423,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2.1.11-2	166,4 кБ	493,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	2.1.11-2	187,7 кБ	441,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	2.1.11-2	163,5 кБ	493,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	2.1.11-2	175,3 кБ	469,0 кБ	[списък на файловете]