Пакунок: indelible (1.03-5)

[ Source: indelible  ]

powerful and flexible simulator of biological evolution

INDELible is a new, portable, and flexible application for biological sequence simulation that combines many features in the same place for the first time. Using a length-dependent model of indel formation it can simulate evolution of multi-partitioned nucleotide, amino-acid, or codon data sets through the processes of insertion, deletion, and substitution in continuous time.

Nucleotide simulations may use the general unrestricted model or the general time reversible model and its derivatives, and amino-acid simulations can be conducted using fifteen different empirical rate matrices. Substitution rate heterogeneity can be modeled via the continuous and discrete gamma distributions, with or without a proportion of invariant sites. INDELible can also simulate under non-homogeneous and non-stationary conditions where evolutionary models are permitted to change across a phylogeny.

Unique among indel simulation programs, INDELible offers the ability to simulate using codon models that exhibit nonsynonymous/synonymous rate ratio heterogeneity among sites and/or lineages.

Інші пакунки пов'язані з indelible

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

Завантажити indelible

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	409.5 kB	1,463.0 kB	[список файлів]
arm64	371.6 kB	1,291.0 kB	[список файлів]
armel	395.9 kB	1,398.0 kB	[список файлів]
armhf	402.3 kB	1,194.0 kB	[список файлів]
i386	411.5 kB	1,514.0 kB	[список файлів]
mips64el	375.9 kB	1,444.0 kB	[список файлів]
mipsel	390.3 kB	1,497.0 kB	[список файлів]
ppc64el	398.7 kB	1,439.0 kB	[список файлів]
s390x	363.4 kB	1,387.0 kB	[список файлів]