Pacote: maq (0.7.1-9)

[ Fonte: maq  ]

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Interface de usuário(a): Linha de comando, Função: role::program, scope::utility, Propósito: Precisa de uma etiqueta extra, Análise, use::comparing, use::searching, Suporta o formato: Precisa de uma etiqueta extra, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Outros pacotes relacionados a maq

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [não amd64, armel, armhf, s390x]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Download de maq

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	295.7 kB	543.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	286.7 kB	519.0 kB	[lista de arquivos]
armel	285.5 kB	530.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	286.9 kB	474.0 kB	[lista de arquivos]
i386	306.2 kB	575.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	296.9 kB	578.0 kB	[lista de arquivos]
mipsel	303.5 kB	577.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	304.8 kB	647.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	288.4 kB	547.0 kB	[lista de arquivos]