Balík: seer (1.1.4-8 a iné)

[ Zdroj: seer  ]

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

Bacterial genomes vary extensively in terms of both gene content and gene sequence - this plasticity hampers the use of traditional SNP-based methods for identifying all genetic associations with phenotypic variation. SEER provides a computationally scalable and widely applicable statistical method for the identification of sequence elements that are significantly enriched in a phenotype of interest. SEER is applicable to even tens of thousands of genomes by counting variable- length k-mers using a distributed string-mining algorithm. Robust options are provided for association analysis that also correct for the clonal population structure of bacteria. Using large collections of genomes of the major human pathogen Streptococcus pneumoniae, SEER identifies relevant previously characterised resistance determinants for several antibiotics.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom seer

• dep: libarmadillo10 (>= 1:10.6.2+dfsg) [ia64]

  Balík nie je dostupný

• dep: libarmadillo14 (>= 1:14.0.1+dfsg) [alpha]

  efektívna C ++ knižnica lineárnej algebry

  dep: libarmadillo14 (>= 1:14.2.1+dfsg) [nie alpha, ia64]

• dep: libblas3

  referenčné implementácie základnej lineárnej algebry - zdieľaná knižnica

  alebo libblas.so.3

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  knižnica volieb programu pre C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [nie ia64]

  knižnica volieb programu pre C++

• dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhdf5-103-1 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [alpha]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [nie alpha, ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie alpha, ia64, m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 14.1.0-5) [alpha]

• dep: libtext-csv-perl

  manipulátor súborov CSV (pomocou XS alebo PurePerl)

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• sug: fsm-lite

  frekvenčné dolovanie podreťazcov - lite

Stiahnuť seer

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.1.4-8	1,144.3 kB	5,167.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.1.4-8+b1	1,199.0 kB	5,064.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.1.4-8+b1	1,134.9 kB	5,028.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1.1.4-8+b1	1,129.2 kB	4,855.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1.1.4-8+b1	1,115.8 kB	4,303.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1.1.4-8+b1	1,137.1 kB	4,750.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.1.4-8+b1	1,191.7 kB	4,999.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1.1.4-6	1,218.9 kB	6,648.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.1.4-8+b1	1,135.2 kB	4,831.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.1.4-8+b1	1,193.2 kB	5,560.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1.1.4-8+b1	1,162.2 kB	5,476.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.1.4-8+b1	1,170.2 kB	5,348.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.1.4-8+b1	1,177.2 kB	4,492.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.1.4-8+b1	1,193.0 kB	5,108.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.1.4-8+b1	1,232.0 kB	4,963.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.1.4-8+b1	1,140.8 kB	8,317.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1.1.4-8+b2	1,191.3 kB	4,875.0 kB	[zoznam súborov]