Paket: seer (1.1.4-8 und andere)

[ Quellcode: seer  ]

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

Bacterial genomes vary extensively in terms of both gene content and gene sequence - this plasticity hampers the use of traditional SNP-based methods for identifying all genetic associations with phenotypic variation. SEER provides a computationally scalable and widely applicable statistical method for the identification of sequence elements that are significantly enriched in a phenotype of interest. SEER is applicable to even tens of thousands of genomes by counting variable- length k-mers using a distributed string-mining algorithm. Robust options are provided for association analysis that also correct for the clonal population structure of bacteria. Using large collections of genomes of the major human pathogen Streptococcus pneumoniae, SEER identifies relevant previously characterised resistance determinants for several antibiotics.

Andere Pakete mit Bezug zu seer

• dep: libarmadillo10 (>= 1:10.6.2+dfsg) [ia64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libarmadillo14 (>= 1:14.2.1+dfsg) [nicht ia64]

  streamlined C++ linear algebra library

• dep: libblas3

  Grundlegende Unterprogramme für Lineare Algebra, gemeinsame Bibliothek

  oder libblas.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  C++-Bibliothek für Programmoptionen

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [nicht ia64]

  C++-Bibliothek für Programmoptionen

• dep: libc6 (>= 2.38) [nicht alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-10) [loong64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhdf5-103-1 [ia64]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [nicht ia64]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nicht alpha, ia64, m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-13) [alpha]

• dep: libtext-csv-perl

  Manipulator für komma-getrennte Werte (mittels XS oder reinem Perl)

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• sug: fsm-lite

  frequency-based string mining (lite)

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.1.4-8+b1	1.180,8 kB	5.295,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.1.4-8+b1	1.199,0 kB	5.064,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.1.4-8+b1	1.134,9 kB	5.028,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.1.4-8+b1	1.129,2 kB	4.855,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.1.4-8+b1	1.115,8 kB	4.303,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.1.4-8+b1	1.137,1 kB	4.750,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.1.4-8+b1	1.191,7 kB	4.999,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.1.4-6	1.218,9 kB	6.648,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	1.1.4-8+b1	1.183,9 kB	5.092,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.1.4-8+b1	1.135,2 kB	4.831,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.1.4-8+b1	1.193,2 kB	5.560,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.1.4-8+b1	1.162,2 kB	5.476,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.1.4-8+b1	1.170,2 kB	5.348,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.1.4-8+b1	1.177,2 kB	4.492,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.1.4-8+b1	1.193,0 kB	5.108,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.1.4-8+b1	1.232,0 kB	4.963,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.1.4-8+b1	1.140,8 kB	8.317,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.1.4-8+b2	1.191,3 kB	4.875,0 kB	[Liste der Dateien]