パッケージ: seer (1.1.4-8 など)

[ ソース: seer  ]

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

Bacterial genomes vary extensively in terms of both gene content and gene sequence - this plasticity hampers the use of traditional SNP-based methods for identifying all genetic associations with phenotypic variation. SEER provides a computationally scalable and widely applicable statistical method for the identification of sequence elements that are significantly enriched in a phenotype of interest. SEER is applicable to even tens of thousands of genomes by counting variable- length k-mers using a distributed string-mining algorithm. Robust options are provided for association analysis that also correct for the clonal population structure of bacteria. Using large collections of genomes of the major human pathogen Streptococcus pneumoniae, SEER identifies relevant previously characterised resistance determinants for several antibiotics.

その他の seer 関連パッケージ

• dep: libarmadillo10 (>= 1:10.6.2+dfsg) [ia64]

  パッケージは利用できません

• dep: libarmadillo14 (>= 1:14.0.1+dfsg) [ia64 以外]

  C++ の簡素化した線形代数ライブラリ

• dep: libblas3

  基本線形代数のリファレンス実装 - 共有ライブラリ

  または libblas.so.3

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  C++ 用プログラムオプションライブラリ

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [ia64 以外]

  C++ 用プログラムオプションライブラリ

• dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, ia64, sh4 以外]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhdf5-103-1 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64 以外]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: liblapack3 [sparc64]

  線形代数ルーチンライブラリ 3 - 共有ライブラリ版

  または liblapack.so.3

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [alpha, ia64, m68k, sh4 以外]

  dep: libstdc++6 (>= 14.1.0-5) [alpha]

• dep: libtext-csv-perl

  comma-separated values manipulator (using XS or PurePerl)

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• sug: fsm-lite

  frequency-based string mining (lite)

seer のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.1.4-8	1,144.3 kB	5,167.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.1.4-8	1,200.9 kB	5,071.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.1.4-8	1,136.8 kB	5,027.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.1.4-8	1,128.8 kB	4,850.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.1.4-8	1,115.0 kB	4,298.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	1.1.4-8	1,139.6 kB	4,774.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.1.4-8	1,193.3 kB	4,998.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.1.4-6	1,218.9 kB	6,648.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.1.4-8	1,139.1 kB	4,846.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.1.4-8	1,187.5 kB	5,559.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.1.4-8	1,164.3 kB	5,475.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.1.4-8	1,172.2 kB	5,347.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.1.4-8	1,178.8 kB	4,499.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.1.4-8	1,194.1 kB	5,111.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	1.1.4-8	1,205.7 kB	4,899.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.1.4-8	1,144.7 kB	8,317.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.1.4-8+b1	1,193.8 kB	4,883.0 kB	[ファイル一覧]