Balík: provean (1.1.5+ds-3 a iné)

[ Zdroj: provean  ]

Protein Variation Effect Analyzer

PROVEAN (Protein Variation Effect Analyzer) is a software tool which predicts whether an amino acid substitution or indel has an impact on the biological function of a protein.

PROVEAN is useful for filtering sequence variants to identify nonsynonymous or indel variants that are predicted to be functionally important.

The performance of PROVEAN is comparable to popular tools such as SIFT or PolyPhen-2.

A fast computation approach to obtain pairwise sequence alignment scores enabled the generation of precomputed PROVEAN predictions for 20 single AA substitutions and a single AA deletion at every amino acid position of all protein sequences in human and mouse.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom provean

• dep: cd-hit [nie alpha, ia64]

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, loong64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie alpha, ia64]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [alpha, ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: ncbi-blast+ [nie alpha, ia64]

  next generation suite of BLAST sequence search tools

Stiahnuť provean

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.1.5+ds-2	51.0 kB	161.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.1.5+ds-3	51.0 kB	149.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.1.5+ds-3	44.7 kB	153.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1.1.5+ds-3	45.4 kB	152.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1.1.5+ds-3	47.3 kB	152.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1.1.5+ds-3	49.6 kB	133.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.1.5+ds-3	52.2 kB	144.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1.1.5+ds-2	61.8 kB	228.0 kB	[zoznam súborov]
loong64 (neoficiálny port)	1.1.5+ds-3	46.8 kB	153.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.1.5+ds-3	42.0 kB	128.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.1.5+ds-3	49.5 kB	222.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1.1.5+ds-3	48.5 kB	218.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.1.5+ds-3	49.2 kB	153.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.1.5+ds-3	48.1 kB	113.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.1.5+ds-3	50.3 kB	141.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.1.5+ds-3	52.0 kB	152.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.1.5+ds-3	42.2 kB	1,051.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1.1.5+ds-3	49.2 kB	136.0 kB	[zoznam súborov]