Balík: libwfa2-0 (2.3.3-4 a iné)

[ Zdroj: libwfa2  ]

exact gap-affine algorithm (shared library)

The wavefront alignment (WFA) algorithm is an exact gap-affine algorithm that takes advantage of homologous regions between the sequences to accelerate the alignment process. Unlike to traditional dynamic programming algorithms that run in quadratic time, the WFA runs in time O(ns+s^2), proportional to the sequence length n and the alignment score s, using O(s^2) memory (or O(s) using the ultralow/BiWFA mode). Moreover, the WFA algorithm exhibits simple computational patterns that the modern compilers can automatically vectorize for different architectures without adapting the code. To intuitively illustrate why the WFA algorithm is so interesting, look at the following figure. The left panel shows the cells computed by a classical dynamic programming based algorithm (like Smith-Waterman or Needleman Wunsch). In contrast, the right panel shows the cells computed by the WFA algorithm to obtain the same result (i.e., the optimal alignment).

Značky: Role: Shared Library

Ostatné balíky súvisiace s balíkom libwfa2-0

• dep: libc6 (>= 2.17) [nie alpha, ia64, riscv64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.17) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie ia64]

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

Stiahnuť libwfa2-0

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	2.3.3-4	61.5 kB	279.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	2.3.3-4+b1	59.7 kB	185.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	2.3.3-4+b1	53.9 kB	277.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	2.3.3-4	73.7 kB	301.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	2.3.3-4+b1	52.4 kB	293.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	2.3.3-4+b1	68.5 kB	341.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	2.3.3-4+b1	65.8 kB	277.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	2.3.3-4+b1	59.2 kB	161.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	2.3.3-4+b1	62.0 kB	201.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	2.3.3-4+b1	48.7 kB	2,080.0 kB	[zoznam súborov]