パッケージ: libwfa2-0 (2.3.3-4 など)

[ ソース: libwfa2  ]

exact gap-affine algorithm (shared library)

The wavefront alignment (WFA) algorithm is an exact gap-affine algorithm that takes advantage of homologous regions between the sequences to accelerate the alignment process. Unlike to traditional dynamic programming algorithms that run in quadratic time, the WFA runs in time O(ns+s^2), proportional to the sequence length n and the alignment score s, using O(s^2) memory (or O(s) using the ultralow/BiWFA mode). Moreover, the WFA algorithm exhibits simple computational patterns that the modern compilers can automatically vectorize for different architectures without adapting the code. To intuitively illustrate why the WFA algorithm is so interesting, look at the following figure. The left panel shows the cells computed by a classical dynamic programming based algorithm (like Smith-Waterman or Needleman Wunsch). In contrast, the right panel shows the cells computed by the WFA algorithm to obtain the same result (i.e., the optimal alignment).

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その他の libwfa2-0 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.17) [alpha, ia64, riscv64 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.17) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ia64 以外]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

libwfa2-0 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	2.3.3-4	61.5 kB	279.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	2.3.3-4+b1	59.7 kB	185.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.3.3-4+b1	53.9 kB	277.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	2.3.3-4	73.7 kB	301.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.3.3-4+b1	52.4 kB	293.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	2.3.3-4+b1	68.5 kB	341.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.3.3-4+b1	65.8 kB	277.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.3.3-4+b1	59.2 kB	161.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2.3.3-4+b1	62.0 kB	201.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	2.3.3-4+b1	48.7 kB	2,080.0 kB	[ファイル一覧]