Balík: python3-pairtools (1.0.3-1 a iné)

[ Zdroj: pairtools  ]

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Ostatné balíky súvisiace s balíkom python3-pairtools

• dep: libc6 (>= 2.4)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-bioframe

  library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

• dep: python3-click

  Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x

• dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0)

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-numpy-abi9

  virtuálny balík poskytovaný balíkom python3-numpy

• dep: python3-pandas

  údajové štruktúry „relačných“ dát alebo dát „s označením“

• dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~)

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-scipy

  vedecké nástroje pre Python 3

• dep: python3-yaml

  spracovanie a tvorbu YAML v jazyku Python 3

• sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

  Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)

Stiahnuť python3-pairtools

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
i386	1.0.3-1+b2	193.8 kB	797.0 kB	[zoznam súborov]