Balík: gsort (0.1.4-3 a iné)

[ Zdroj: gsort  ]

sort genomic data

gsort is a tool to sort genomic files according to a genomefile. For example, to sort VCF to have order: X, Y, 2, 1, 3, ... and the header needs to be kept at the top.

As a more likely example, if a file nneds to be sorted to match GATK order (1 ... X, Y, MT) which is not possible with any other sorting tool. With gsort one can simply place MT as the last chrom in the ".genome" file.

It will also be useful for getting files ready for use in bedtools.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom gsort

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

• dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

  Runtime library for GNU Go applications

Stiahnuť gsort

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	0.1.4-3+b9	168.2 kB	806.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	0.1.4-3+b18	2,138.3 kB	6,309.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	0.1.4-3+b18	1,843.3 kB	5,989.0 kB	[zoznam súborov]
armel	0.1.4-3+b18	1,822.2 kB	6,204.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	0.1.4-3+b18	1,815.9 kB	6,076.0 kB	[zoznam súborov]
i386	0.1.4-3+b18	1,989.2 kB	6,132.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	0.1.4-3+b18	1,655.4 kB	6,840.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	0.1.4-3+b10	195.7 kB	1,123.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	0.1.4-3+b18	1,834.9 kB	6,180.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64 (neoficiálny port)	0.1.4-3+b9	1,551.6 kB	5,008.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	0.1.4-3+b18	1,949.2 kB	6,629.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	0.1.4-3+b8	165.5 kB	1,257.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	0.1.4-3+b10	175.1 kB	703.0 kB	[zoznam súborov]