Paquet : gsort (0.1.4-3 et autres)

[ Paquet source : gsort  ]

sort genomic data

gsort is a tool to sort genomic files according to a genomefile. For example, to sort VCF to have order: X, Y, 2, 1, 3, ... and the header needs to be kept at the top.

As a more likely example, if a file nneds to be sorted to match GATK order (1 ... X, Y, MT) which is not possible with any other sorting tool. With gsort one can simply place MT as the last chrom in the ".genome" file.

It will also be useful for getting files ready for use in bedtools.

Autres paquets associés à gsort

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

• dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

  bibliothèque d'exécution pour les applications Go GNU

Télécharger gsort

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.1.4-3+b9	168,2 ko	806,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.1.4-3+b18	2 138,3 ko	6 309,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.1.4-3+b18	1 843,3 ko	5 989,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.1.4-3+b18	1 822,2 ko	6 204,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.1.4-3+b18	1 815,9 ko	6 076,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.1.4-3+b18	1 989,2 ko	6 132,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.1.4-3+b18	1 655,4 ko	6 840,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.1.4-3+b10	195,7 ko	1 123,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.1.4-3+b18	1 834,9 ko	6 180,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64 (portage non officiel)	0.1.4-3+b9	1 551,6 ko	5 008,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.1.4-3+b18	1 949,2 ko	6 629,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.1.4-3+b8	165,5 ko	1 257,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.1.4-3+b10	175,1 ko	703,0 ko	[liste des fichiers]