Balík: canu (2.2+dfsg-5 a iné)

[ Zdroj: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Ostatné balíky súvisiace s balíkom canu

• dep: gnuplot-nox

  program na interaktívne kreslenie riadený z príkazového riadka - balík bez X
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom gnuplot-qt, gnuplot-x11

  alebo gnuplot

  program na interaktívne kreslenie riadený z príkazového riadka
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.38)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  modul na zistenie informácií o mieste na disku

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  podporná knižnica GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.2.1)

  rýchla komprimačná/dekomprimačná knižnica

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

Stiahnuť canu

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
arm64	2.2+dfsg-5+b1	1,293.4 kB	13,910.0 kB	[zoznam súborov]