Paketti: canu (2.2+dfsg-5 ja muut)

[ Source: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Muut pakettiin canu liittyvät paketit

• dep: gnuplot-nox

  Command-line driven interactive plotting program. No-X package
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa gnuplot-qt, gnuplot-x11

  tai gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.2.1)

  fast compression/decompression library

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

Imuroi canu

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
arm64	2.2+dfsg-5+b1	1,293.4 kt	13,910.0 kt	[tiedostoluettelo]