Пакет: hhsuite (3.3.0+ds-8)

[ Источник: hhsuite  ]

sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

HH-suite is an open-source software package for sensitive protein sequence searching based on the pairwise alignment of hidden Markov models (HMMs).

This package contains HHsearch and HHblits among other programs and utilities.

HHsearch takes as input a multiple sequence alignment (MSA) or profile HMM and searches a database of HMMs (e.g. PDB, Pfam, or InterPro) for homologous proteins. HHsearch is often used for protein structure prediction to detect homologous templates and to build highly accurate query-template pairwise alignments for homology modeling.

HHblits can build high-quality MSAs starting from single sequences or from MSAs. It transforms these into a query HMM and, using an iterative search strategy, adds significantly similar sequences from the previous search to the updated query HMM for the next search iteration. Compared to PSI-BLAST, HHblits is faster, up to twice as sensitive and produces more accurate alignments.

Другие пакеты, относящиеся к hhsuite

• dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-8)

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment (data)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, ppc64el]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

Загрузка hhsuite

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	53 844,3 Кб	464 795,0 Кб	[список файлов]
arm64	10 148,6 Кб	77 878,0 Кб	[список файлов]
armel	10 179,6 Кб	77 665,0 Кб	[список файлов]
armhf	10 144,3 Кб	75 637,0 Кб	[список файлов]
i386	72 219,2 Кб	624 406,0 Кб	[список файлов]
mips64el	10 091,0 Кб	79 847,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	10 333,8 Кб	79 798,0 Кб	[список файлов]