Pakiet: hhsuite (3.3.0+ds-8)

[ Pakiet źródłowy: hhsuite  ]

sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

HH-suite is an open-source software package for sensitive protein sequence searching based on the pairwise alignment of hidden Markov models (HMMs).

This package contains HHsearch and HHblits among other programs and utilities.

HHsearch takes as input a multiple sequence alignment (MSA) or profile HMM and searches a database of HMMs (e.g. PDB, Pfam, or InterPro) for homologous proteins. HHsearch is often used for protein structure prediction to detect homologous templates and to build highly accurate query-template pairwise alignments for homology modeling.

HHblits can build high-quality MSAs starting from single sequences or from MSAs. It transforms these into a query HMM and, using an iterative search strategy, adds significantly similar sequences from the previous search to the updated query HMM for the next search iteration. Compared to PSI-BLAST, HHblits is faster, up to twice as sensitive and produces more accurate alignments.

Inne pakiety związane z hhsuite

• dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-8)

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment (data)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, ppc64el]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

Pobieranie hhsuite

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	53 844,3 KiB	464 795,0 KiB	[lista plików]
arm64	10 148,6 KiB	77 878,0 KiB	[lista plików]
armel	10 179,6 KiB	77 665,0 KiB	[lista plików]
armhf	10 144,3 KiB	75 637,0 KiB	[lista plików]
i386	72 219,2 KiB	624 406,0 KiB	[lista plików]
mips64el	10 091,0 KiB	79 847,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	10 333,8 KiB	79 798,0 KiB	[lista plików]