Пакет: ea-utils (1.1.2+dfsg-9 и другие)

[ Источник: ea-utils  ]

command-line tools for processing biological sequencing data

Ea-utils provides a set of command-line tools for processing biological sequencing data, barcode demultiplexing, adapter trimming, etc.

Primarily written to support an Illumina based pipeline - but should work with any FASTQs.

Main Tools are:

 * fastq-mcf

Scans a sequence file for adapters, and, based on a log-scaled threshold, determines a set of clipping parameters and performs clipping. Also does skewing detection and quality filtering.

 * fastq-multx

Demultiplexes a fastq. Capable of auto-determining barcode id's based on a master set fields. Keeps multiple reads in-sync during demultiplexing. Can verify that the reads are in-sync as well, and fail if they're not.

 * fastq-join

Similar to audy's stitch program, but in C, more efficient and supports some automatic benchmarking and tuning. It uses the same "squared distance for anchored alignment" as other tools.

 * varcall

Takes a pileup and calculates variants in a more easily parameterized manner than some other tools.

Другие пакеты, относящиеся к ea-utils

• dep: libc6 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386, riscv64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: r-base-core

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-cran-formula

  GNU R package for extended model formulas

• dep: r-cran-getopt

  GNU R package providing command-line parsing functionality

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-hmisc

  GNU R miscellaneous functions by Frank Harrell

• dep: r-cran-lattice

  GNU R package for 'Trellis' graphics

• dep: r-cran-survival

  GNU R package for survival analysis

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  библиотека сжатия

• rec: med-config (>= 2.1)

  Debian Med general config package

Загрузка ea-utils

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	1.1.2+dfsg-9+b3	239,9 Кб	762,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.1.2+dfsg-9+b3	215,3 Кб	1 002,0 Кб	[список файлов]
armel	1.1.2+dfsg-9+b3	213,0 Кб	699,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.1.2+dfsg-9+b3	210,8 Кб	547,0 Кб	[список файлов]
i386	1.1.2+dfsg-9+b3	250,4 Кб	779,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.1.2+dfsg-9+b3	232,0 Кб	1 093,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.1.2+dfsg-9+b3	243,5 Кб	1 066,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.1.2+dfsg-9+b2	234,3 Кб	638,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.1.2+dfsg-9+b3	234,9 Кб	786,0 Кб	[список файлов]