Пакет: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-9 и другие) [non-free]

[ Источник: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e. compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and gtf_to_sam.

Теги: Биология: Нуклеиновые кислоты, Область: Биология, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Роль: Программа, Работает с: Биологические последовательности

Другие пакеты, относящиеся к cufflinks

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

  serialization library for C++

• dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [amd64, armel, armhf]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.1) [s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  библиотека сжатия

• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• enh: tophat

  Пакет недоступен

Загрузка cufflinks

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1 515,8 Кб	10 573,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1 406,4 Кб	10 471,0 Кб	[список файлов]
armel	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1 246,6 Кб	9 506,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1 138,5 Кб	6 422,0 Кб	[список файлов]
i386	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1 538,5 Кб	10 692,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1 559,0 Кб	15 287,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1 519,6 Кб	13 479,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1 464,1 Кб	11 663,0 Кб	[список файлов]