Пакет: sortmerna (4.3.7-2 и другие)

[ Источник: sortmerna  ]

tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

SortMeRNA is a biological sequence analysis tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads. The core algorithm is based on approximate seeds and allows for fast and sensitive analyses of nucleotide sequences. The main application of SortMeRNA is filtering rRNA from metatranscriptomic data. Additional applications include OTU-picking and taxonomy assignation available through QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1). SortMeRNA takes as input a file of reads (fasta or fastq format) and one or multiple rRNA database file(s), and sorts apart rRNA and rejected reads into two files specified by the user. Optionally, it can provide high quality local alignments of rRNA reads against the rRNA database. SortMeRNA works with Illumina, 454, Ion Torrent and PacBio data, and can produce SAM and BLAST-like alignments.

Другие пакеты, относящиеся к sortmerna

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [не x32]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не i386]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6) [x32]

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: librocksdb9.8 (>= 9.8.4) [не x32]

  persistent Key-Value Store for Flash and RAM Storage

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не x32]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [x32]

• dep: python3 [не x32]

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: sse2-support [i386]

  CPU feature checking - require SSE2

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не x32]

  библиотека сжатия

• rec: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

Загрузка sortmerna

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	4.3.7-2+b1	572,2 Кб	1 857,0 Кб	[список файлов]
i386	4.3.7-2+b1	586,3 Кб	1 975,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.1-5	5 341,1 Кб	47 217,0 Кб	[список файлов]