Pakiet: sortmerna (4.3.7-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: sortmerna  ]

tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

SortMeRNA is a biological sequence analysis tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads. The core algorithm is based on approximate seeds and allows for fast and sensitive analyses of nucleotide sequences. The main application of SortMeRNA is filtering rRNA from metatranscriptomic data. Additional applications include OTU-picking and taxonomy assignation available through QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1). SortMeRNA takes as input a file of reads (fasta or fastq format) and one or multiple rRNA database file(s), and sorts apart rRNA and rejected reads into two files specified by the user. Optionally, it can provide high quality local alignments of rRNA reads against the rRNA database. SortMeRNA works with Illumina, 454, Ion Torrent and PacBio data, and can produce SAM and BLAST-like alignments.

Inne pakiety związane z sortmerna

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie x32]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie i386]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6) [x32]

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: librocksdb9.10 (>= 9.10.0) [nie x32]

  persistent Key-Value Store for Flash and RAM Storage

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie x32]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [x32]

• dep: python3 [nie x32]

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: sse2-support [i386]

  CPU feature checking - require SSE2

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie x32]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

Pobieranie sortmerna

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	4.3.7-2+b2	571,3 KiB	1 857,0 KiB	[lista plików]
i386	4.3.7-2+b2	586,7 KiB	1 975,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.1-5	5 341,1 KiB	47 217,0 KiB	[lista plików]