Paquet : sortmerna (4.3.7-2 et autres)

[ Paquet source : sortmerna  ]

tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

SortMeRNA is a biological sequence analysis tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads. The core algorithm is based on approximate seeds and allows for fast and sensitive analyses of nucleotide sequences. The main application of SortMeRNA is filtering rRNA from metatranscriptomic data. Additional applications include OTU-picking and taxonomy assignation available through QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1). SortMeRNA takes as input a file of reads (fasta or fastq format) and one or multiple rRNA database file(s), and sorts apart rRNA and rejected reads into two files specified by the user. Optionally, it can provide high quality local alignments of rRNA reads against the rRNA database. SortMeRNA works with Illumina, 454, Ion Torrent and PacBio data, and can produce SAM and BLAST-like alignments.

Autres paquets associés à sortmerna

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [non x32]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non i386]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6) [x32]

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: librocksdb9.8 (>= 9.8.4) [non x32]

  persistent Key-Value Store for Flash and RAM Storage

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [x32]

• dep: python3 [non x32]

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: sse2-support [i386]

  CPU feature checking - require SSE2

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non x32]

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	4.3.7-2+b1	572,2 ko	1 857,0 ko	[liste des fichiers]
i386	4.3.7-2+b1	586,3 ko	1 975,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.1-5	5 341,1 ko	47 217,0 ko	[liste des fichiers]