Пакет: progressivemauve (1.2.0+4713+dfsg-5 и другие)

[ Источник: progressivemauve  ]

multiple genome alignment algorithms

The mauveAligner and progressiveMauve alignment algorithms have been implemented as command-line programs included with the downloadable Mauve software. When run from the command-line, these programs provide options not yet available in the graphical interface.

Mauve is a system for efficiently constructing multiple genome alignments in the presence of large-scale evolutionary events such as rearrangement and inversion. Multiple genome alignment provides a basis for research into comparative genomics and the study of evolutionary dynamics. Aligning whole genomes is a fundamentally different problem than aligning short sequences.

Mauve has been developed with the idea that a multiple genome aligner should require only modest computational resources. It employs algorithmic techniques that scale well in the amount of sequence being aligned. For example, a pair of Y. pestis genomes can be aligned in under a minute, while a group of 9 divergent Enterobacterial genomes can be aligned in a few hours.

Mauve computes and interactively visualizes genome sequence comparisons. Using FastA or GenBank sequence data, Mauve constructs multiple genome alignments that identify large-scale rearrangement, gene gain, gene loss, indels, and nucleotide substutition.

Mauve is developed at the University of Wisconsin.

Другие пакеты, относящиеся к progressivemauve

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  библиотека Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  program options library for C++

• dep: libboost-system1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

  Operating system (e.g. diagnostics support) library

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4, x32]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, mips64el, ppc64, riscv64, sparc64, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgenome0 (>= 1.3.11+svn20110227.4616)

  toolkit for developing bioinformatic related software

• dep: libmems1 (>= 1.6.0+4725) [alpha, ia64, ppc64, sparc64]

  library to support DNA string matching and comparative genomics

• dep: libmems1t64 (>= 1.6.0+4725) [не alpha, ia64, ppc64, sparc64]

  library to support DNA string matching and comparative genomics

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565) [sparc64]

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не x32]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• enh: mauve-aligner

  multiple genome alignment

Загрузка progressivemauve

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.2.0+4713+dfsg-5+b2	892,3 Кб	6 441,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	850,6 Кб	5 393,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	791,1 Кб	5 774,0 Кб	[список файлов]
armel	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	671,7 Кб	3 966,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	668,8 Кб	3 070,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	939,2 Кб	5 325,0 Кб	[список файлов]
i386	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	842,1 Кб	5 254,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.2.0+4713+dfsg-5+b2	1 091,3 Кб	9 489,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	811,2 Кб	5 262,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	823,7 Кб	6 838,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.2.0+4713+dfsg-5+b2	852,6 Кб	7 313,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	877,5 Кб	6 863,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	939,3 Кб	4 687,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	729,4 Кб	5 366,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	920,5 Кб	5 641,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.2.0+4713+dfsg-5+b2	813,5 Кб	27 865,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	890,7 Кб	5 162,0 Кб	[список файлов]